Первым супругом красавицы-актрисы стал режиссёр Владимир Бабенко, с которым она прожила 17 лет. Именно с ним талантливая артистка познала счастье материнства. При этом Алена Бабенко в силу занятости не могла уделять сыну Никите достаточно времени, о чём позже горько сожалела.

Развод родителей, произошедший по вине Алены, больно травмировал подростка, который замкнулся в себе на несколько месяцев. О том, почему она всё-таки рассталась с супругом, Бабенко поведала в эфире программы «Судьба человека». Поговаривают, тогда же у артистки случился роман с Александром Домогаровым на съёмках фильма «Инди». С тех пор она нередко называла себя разрушительницей.

«Я позволяла себе гулять, приходить поздно домой, не звонить. Сложно мне тогда было быть матерью и хорошей женой. Такая трагедия была в жизни. Просто невозможно быть вместе. Сын тяжело переживал, на полгода замкнулся в себе, но все же смирился», — каялась артистка в эфире канала «Россия 1».

Вторым мужем актрисы стал спортсмен Эдуард Субоч, мастер спорта по прыжкам с трамплина. Их знакомство произошло на «Кинотавре». Бабенко долго отказывалась выходить замуж. Судя по всему, слухи действительно не врали – на тот момент мужчина был женат и воспитывал вместе с избранницей пятилетнюю дочь. Но в итоге им было принято непростое решение в пользу новой любви.